Este trabalho avalia a estratégia do Instituto de Pesquisa ClÃnica Evandro Chagas da Fundação Oswaldo Cruz (IPEC/FIOCRUZ) para promover a pesquisa estratégica em saúde por meio de ações integradas de pesquisa clÃnica (PAIs). Foi avaliado o desempenho de oito PAIs entre 2002 e 2009, usando a Análise Envoltória de Dados – DEA para calcular uma fronteira de eficiência. O modelo DEA permitiu discriminar as PAIs entre ações eficientes e ineficientes e indicou os planos de operação pró-eficiência de curto prazo para as PAIs. Utilizando a hipótese markoviana na análise da transição das PAIs entre os estados de eficiência e ineficiência determinou-se que, no longo prazo, o número de PAIs ineficientes poderá aumentar, caso não sejam adotadas medidas gerenciais corretivas. A primeira conclusão da análise é de que a nova estrutura de organização assegurou ao IPEC uma trajetória de expansão eficiente e sustentável. Conclui-se, ainda, que os modelos DEA são adequados para o monitoramento corrente do desempenho, contribuindo para promover compromisso e identificar soluções pró-eficiência. Extrai-se da Análise Markoviana, finalmente, que essa trajetória de ganhos de eficiência técnica é sustentável no curto prazo, mas que existe uma tendência de perda de eficiência no longo prazo.