A catação do marisco-pedra Anomalocardia flexuosa L. é essencial para as comunidades tradicionais, que vivem em regiões litorâneas e dependem dessa atividade. O estudo objetivou investigar a microbiota endógena de A. flexuosa associada à morfometria da concha. Foram realizadas coletas no estuário do Rio Paraíba do Norte, nos meses de setembro e outubro de 2017, em quatro croas, com níveis diferentes de poluição. Os mariscos foram coletados manualmente e a água do rio foi coletada com o auxílio de garrafa plástica. A morfometria do marisco-pedra foi feita com o auxílio de paquímetro e a inoculação para o crescimento dos micro-organismos utilizou os meios de cultivo: Ágar Sabouraud (SAB) e Malte, para fungos, e Agar Tryptic soy (TSA) e Mueller Hinton (MH), para bactérias. Foram encontradas conchas com tamanho variando entre 14,14 mm e 21,5 mm e 33 morfotipos da microbiota endógena, sendo 14 de bactérias e 19 de fungos. Os indivíduos da croa Cidade, por estarem mais próximas da zona urbana, recebem maior carga de poluição, refletindo no tamanho médio das conchas das populações de A. flexuosa. As croas mais conservadas e distantes do centro urbano (Portinho, Marisco e Lombo da Vara) mostraram uma maior riqueza de bactérias endógenas, enquanto os fungos não apresentaram diferença estatística significativa associadas ao tamanho médio maior da concha. Medidas mitigatórias são necessárias para o melhor rendimento da atividade de catação de marisco, tendo como pressuposto a minimização da poluição hídrica, advinda dos centros urbanos e o manejo adequado da mariscagem.
