O agronegócio brasileiro, especialmente a pecuária de corte, tem destaque no cenário nacional e internacional. Apesar dos resultados favoráveis, esse sistema agroindustrial possui falhas de coordenação e competitividade. Alternativamente, Sistemas Agroalimentares Diferenciados (SADs), voltados para diferenciação do produto e nova forma de relação entre agentes emergem. O objetivo do trabalho foi descrever, sob a ótica do varejo, as estruturas de governança adotadas entre os distribuidores e fornecedores no SAD de carnes bovinas especiais no município de Maringá/PR. A pesquisa, qualitativa e descritiva, foi fundamentada na Economia dos Custos de Transação, e na Economia dos Custos de Mensuração. Entrevistas semi-estruturadas foram realizadas com seis empresas varejistas do segmento de carnes especiais. Observou-se que as transações entre esses agentes envolvem especificidade de ativos e dimensões de difícil mensuração, implicando maior complexidade e espaço para apropriação de valor. Nem todos os atributos de qualidade são remunerados de forma diferenciada, indicando falhas no SAD. Nesse sistema, predominam acordos verbais, envolvendo relações de longo prazo como estruturas de governança, baseados na reputação e na existência de certificações. Conclui-se que a certificação e a reputação possibilitaram a adoção dessas estruturas de governança menos complexas, reduzindo custos de transação.