O processo de produção de álcool combustível no Brasil utiliza a sacarose na forma de caldo de cana ou melaço como substrato para Saccharomyce cerevisiae o que resulta em alta produção de etanol. O presente trabalho tem como objetivo avaliar o potencial biotecnológico de linhagens de Saccharomyce cerevisiae utilizadas nas usinas sucroalcooleiras da região sul do estado de Mato Grosso do Sul. As principais linhagens utilizadas nas usinas da região são: Catanduva 1, Pedra 2, Barra Grande 1 e Fleischmann. As análises microbiológicas mostraram semelhanças entres os aspectos analisados nas linhagens. A linhagem que apresentou melhor performance fermentativa foi a Catanduva 1, as linhagens Pedra 2 e Barra Grande 1 apresentaram respostas semelhantes e a que apresentou menor fermentação foi a linhagem Fleischmann. Este estudo mostrou que a caracterização do potencial das linhagens de leveduras no processo fermentativo pode aumentar a produção de etanol.