Estudos foram realizados sobre a herança e o desequilíbrio de ligação em locos isoenzimáticos de Peltophorum dubium (Spreng.) Taub., vulgarmente conhecida como canafístula ou angico-amarelo, uma espécie arbórea de ampla distribuição nas florestas tropicais e subtropicais da América do Sul. Pouco se conhece sobre a diversidade genética e sistema de reprodução da espécie, aspectos estes fundamentais para a conservação genética, bem como para o seu melhoramento genético. A herança e a ligação de seis isoenzimas codificando nove locos são reportadas em P. dubium usando progênies de polinização aberta de árvores maternas heterozigotas. Em geral, a razão de segregação conformou com a esperada em caracteres sob controle de herança mendeliana. Desvio da razão de segregação 1:1 foi observado apenas para o loco Pgm-2. A ligação entre pares de locos foi inferida usando a medida composta de desequilíbrio de ligação de Borrows. Desvios de desequilíbrio de ligação foram observados entre sete pares de locos (α-Est-2:Ugpp-2, α-Est-3:α-Est-4, α-Est-3:Ugpp-2, 6pgdh-2:Aco-1, 6pgdh-2:Pgm-1, Aco-1:Pgm-1 e Pgm-1:Pgm-2), dois dos quais estavam ligados (α-Est-3:α-Est-4, 6pgdh-2:Pgm-1). A herança mendeliana simples foi confirmada para a maioria dos locos avaliados em P. dubium. Contudo, alguns pares desses locos parecem não estar segregando de forma independente, de forma que alguns devem ser excluídos de análises genéticas que requeiram a pressuposição de equilíbrio de ligação.