O objetivo do presente trabalho é avaliar as caracterÃsticas fÃsico-quÃmicas e microbiológicas dos reservatórios da região do semiárido brasileiro, receptores de água do Projeto de Integração do rio São Francisco, identificando a influência de variáveis ambientais na comunidade fitoplanctônica. Foram estudados os reservatórios de Itaparica, Poço da Cruz, Boqueirão, Armando Ribeiro Gonçalves e Castanhão. Para alcançar o objetivo proposto, foram feitas análises estatÃsticas multivariadas com auxÃlio dos programas Primer e SPSS. Verificou-se que os reservatórios se diferenciam em dois grupos (Eixo Leste e Eixo Norte), observando-se a existência de uma variação temporal. As variáveis ambientais explicaram 78% da variação do fitoplâncton. Destes 22% são explicados por variáveis tipológicas (naturais) e 56% são explicados por variáveis de pressão (efeito antropogênico). Espera-se que a transferência de água possa contribuir para melhoria da qualidade da água, sendo fundamental a implementação de medidas que promovam uma gestão integrada e sustentável das respectivas bacias hidrográficas.