Este trabalho apresenta um método de contagem de esporos de fungos micorrízicos a partir de imagens digitais usando morfologia fuzzy para separação de esporos e algoritmos desenvolvidos no Scilab para quantificação. O objetivo é mostrar a eficácia da morfologia fuzzy e as funções desenvolvidas na separação e contagem. A estratégia metodológica desenvolvida foi utilizar as definições de morfologia fuzzy desenvolvidas por Andrade et al e produzir um algoritmo capaz de separar e contar fungos. Espera-se obter um método capaz de realizar uma contagem eficiente.